Kenshin si è stabilito nella sua nuova vita con Kaoru e gli altri suoi amici quando si è avvicinato con una richiesta del governo Meiji. Makoto Shishio, un ex sicario come Kenshin, è stato tradito, incendiato e lasciato per morto. È sopravvissuto, ed è ora a Kyoto, in combutta con i suoi guerrieri raccolte di rovesciare il nuovo governo. Contro i desideri di Kaoru, Kenshin accetta con riluttanza di andare a Kyoto e aiutarlo a mantenere il suo paese di ricadere nella guerra civile.
