Nel XVII secolo, padre Rodrigues e padre Garrpe, due preti gesuiti, affrontano violenze e persecuzioni quando, recatisi nel Giappone sotto lo shogunato Tokugawa, tentano di ritrovare il loro mentore e di diffondere il vangelo. Con un governo che desidera eliminare dal Giappone ogni influenza occidentale, i due preti si separano costringendo Rodrigues a dirigersi verso le campagne e a chiedersi perché il suo Dio rimanga in silenzio mentre i suoi figli soffrono.
